记者调查“药房托管”模式出现、发展过程中却发现，“药房托管”的最初雏形几乎带有“无心插柳柳成荫”的成分，南京市卫生局在做托管政策设计时，也没有从医药分家的角度来考虑。
2003年，南京市栖霞区新建了一家名为尧化医院的卫生院，由于医院初期投入并不充足，药剂人员紧缺，医务人员配备也少，于是，尧化医院考虑把药房托管出去，由医药公司来代替经营。当时的考虑是托管以后自己就不需要掏太多的成本采购，还可要求医药公司来配备药剂人员。
试行了一年以后，在2004年底，尧化医院向南京市卫生局汇报了他们的试点情况。在汇报材料中，尧化医院称，“药房托管”之后，医生的回扣少了，医药代表也少了，利润空间直接转移到了医院。
这个无意中的汇报材料，却引来了栖霞区纪委的兴趣，认为这是个打击医院和医生收受药品销售回扣的好办法。经过南京市纪委的认可，试点材料被交给南京市卫生局研究推广。
经过半年的方案设计，2005年中，南京市雨花区政府开始在区内二级医院推行“药房托管”。自此以后，2006年5月，南京市又开始对全市13个区近200家二级、一级医院药房推行托管计划。
2008年5月，南京市9家三级医院也开始试行“药房托管”，不过不再是选择与医药商业企业合作，而是由南京市卫生局等多家相关政府部门联合成立了南京市药品集中托管中心。
时至今日，在南京市卫生局内负责“药房托管”工作的，仍是纪检部门。只是经过试行之后，这一模式事实上改变了医药销售与分利的既有格局，“药房托管”也因此同时被赋予了特殊的定义，被认为是对医疗体制改革中“医药分家”的创新性尝试。
这种所有权与经营权相分离，尽可能地减少药品流通的中间环节的托管模式，可以降低药价，但并未撼动“以药养医”的格局。研究者认为，简单地将药房的经营权和管理权从医院剥离的做法不能称为“医药分开”。
中国医药[17.01 -6.54%]商业协会副会长兼秘书长王锦霞认为，新医改的方向是医药分开，医药分开的实质是医药分业，让药品经营企业去托管药房显然不是医药分业。所谓的托管最后还是医院要利，还是以药养医。医院是在利用自己的垄断地位继续向商业要钱，最后都是让老百姓买单。
所以“药房托管”根本就不是医药分业的改革方向，它想方设法从供应商从厂家那里拿钱，来维持以药养医这种利益格局。这是变本加厉地“以药养医”，“是医疗机构迫使上游供应商给药品加价，继续盘剥消费者，让老百姓看病用药更贵。因此这种模式就一定会终结。”王锦霞说。
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