沈卫国说，国家虽然要拿出8500亿元资金来投入医药卫生体制改革，但医改真要在全国范围内动真格，这点钱肯定远远不够。沈卫国还告诉记者，除了3年总额460亿元的新增财政支出之外，安徽还要对全省基层医疗卫生机构进行核编定支，这中间的财政缺口到底有多大，目前还是未知数。
财政投入的可持续问题，也是基层医务人员最为关心的问题。安徽肥西县严店乡卫生院院长廖剑说，自2009年12月实行药品零差率销售后，一大半业务收入失去了来源。在财政投入到位之前，无论是医院的日常维持还是人员工资，都靠吃老本。“我们不希望改革到最后，还是我们医生自己埋单。”廖剑说。
如果政府投入真能“一兜到底”，结果会不会很完美？江苏东南大学附属中大医院院长刘乃丰指出，政府投入应该在解决医院人员工资负担、加强基础设施建设、改善流程和环境以及提高医保待遇上重点倾斜，而不能把医院“包养”起来。公立医院如果全部由政府兜底，将会形成财政负担的无底洞。这种可能性在一些发达国家已经成为现实，例如英国，医护人员按部就班上班下班，没有任何积极性，病人看个感冒就需要预约很长时间才能见到医生。
多赢路径：供需双补，关键是补需方
政府投入如何才能高效？有专家指出，政府投入不能回到大锅饭时代，医生干多干少干好干坏一个样，而应在调动医务人员工作积极性的同时，能够减轻病患负担。
为着力解决老百姓看病贵等问题，2009年出台的《中共中央 国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》提出，要推进公立医院补偿机制改革，加大政府投入，完善公立医院经济补偿政策，逐步解决“以药补医”问题。办法有三：一是增加政府对公立医院的投入，二是进行付费方式的改变和价格构成的调整、提高医疗技术劳务的收费价格，三是在试点地区增设药事服务费。
“现在就是价格机制不健全，可以说相当扭曲。”安徽芜湖市第二人民医院院长何思忠说，“比如床位费，现在的收费标准是一床一天8～12元。一个3人间，如果开空调一人一天加2元，一共6元电费。实际上3人间空调的功率至少在2000瓦，24小时耗电按照工业用电标准电费都在35元。而加上空调费在内，一个3人间一天总共也才42元。现在宾馆、酒店都找不到42元一天的房间，何况是医院？”
在江苏大学附属医院院长刘东明看来，公立医院其实一直在履行公益职责，如果个人支付比例不断降低，医院的公益性就会更加突出。这就有一个政府投入方式的问题，投供方，可以促进医疗机构不断提升各自的医疗服务能力和水平；投需方，可以加大报销比例，让更多的人看得起病。
何思忠建议，完善公立医院补偿机制要更多地考虑补需方，即通过医保这个途径把钱补到病人头上去，然后通过市场的自由竞争来调动医院的积极性。比如将医保的人均报销水平从4000元提高到6000元，每人多了2000元，就可以适当提高医疗服务的收费标准。各医院通过服务、价格、医疗质量竞争，吸引患者。患者享受到高质量医疗卫生服务后，由于医保支付比例加大，个人自付费用比例反而下降，满意度会上升。
零差率售药：补偿方案有待进一步细化
为保证老百姓能用上基本药物，减轻医药负担，2009年8月，我国启动实施了国家基本药物制度建设，并首先在全国部分基层医疗卫生机构实行零差率销售基本药物。前不久卫生部部长陈竺又宣布，2010年公立医院改革试点地区的二、三级医院也将启动实施基本药物制度。
听说这一消息，很多公立医院负责人表示担心：虽然国家明确提出将通过加大对医院的投入、增设药事服务费等方式，来补偿取消药品加成后给医院造成的经济损失，但从目前情况看，其中最重要的药事服务费和政策性亏损补偿还没有出台相关的依据和标准。
以药事服务费收取方式为例，虽然新医改方案确定药事服务费由社保支付，但药事服务费的标准应当定为多少，它与药品加成之间存在的差距又该由谁来承担，这些都需要进一步探索。四川省医学科学院卫生政策与信息技术研究所所长郑小华认为：“按处方价格确定药事服务费，可能导致医生多开价格昂贵的药物，少开价格低廉的药物；按照处方药品项目数确定费用标准则有可能带来大处方；根据药品类型确定费用标准则有可能导致选择性用药。”根据国外收取药事费的做法，他认为按就诊次数确定药事服务费较为合理。
另外，以各种医疗服务费用为例，目前我国公立医院有许多项目属于政策性亏损项目，像“先天心室修补术”，许多医院算上医疗服务成本后，按国家定价，都属于亏本经营，这导致许多医院为弥补损失，让病人反复做一些有高额利润的检查项目。因此，转变“以药养医”机制，也急需明确政策性亏损项目的补偿标准和依据
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