日本没有采取强行的医药分开政策，各医疗机构可以将门诊药房剥离出去，也可以保留。日本从1974年开始取消了15%的药品差价率管制政策，采取政府只管药品最高零售价政策，鼓励医疗机构与供应商谈判，降低采购价格，获取购销差价，允许“以药补医”。政府通过监测供应商的供货价格，动态调整最高零售价格，经过充分的市场竞争，药品的购销价格日趋合理。目前药品零售价格为22年前的三分之一，而且与原来药价虚高相伴随的回扣、大处方、医患矛盾等问题也随之而化解。最高零售价政策执行的结果是患者最终从医院药房购药的价格与社会药房购药的价格几乎没有区别，药品利润约5%，药价不虚高。日本医院药房与社会药房各占半壁江山，处方可以在两者之间自由流动。在世界卫生组织对所有成员国的综合评价排名中，日本的卫生水平和整体达标成就均排第1位。
鉴于我国医疗行业在长期计划经济体制形成的现状下，实行“医药分开”的休克疗法，必将极大减少医院的收入，影响医院的生存和发展，最终背离医疗机构改革的初衷。因此，要实现医药分开必须让公立医院与零售药店一样执行只管最高零售价政策，并在药品包装盒上标明药品最高零售价，让价格公开透明，充分发挥市场机制的作用，以便政府了解真实的价格信息，加强监管，逐步减少和杜绝药品回扣现象，并依据竞争获得的真实价格信息对药品最高零售价进行动态调整，同时调整并提高医疗服务收费，最终实现让医药自然平稳分开。
在药品差价率管制政策下预付制难以推行
预付制主要有总额预付、按诊断相关分组定额预付（DRGs）、单病种付费、按人头付费等几种方式。总额预付是指支付方与服务提供方协商确定某一阶段的预算总额，对费用支付施行强制控制。这种方式优点是锁定了医保支出的上限，与其他方式相比能最有效控制医疗费用水平。但是这种支付方式的缺点也是很明显的，如对医疗服务提供方缺乏正向激励，很难保证供方服务的积极性和医疗质量。DRGs是运用统计控制理论的原理将住院病人进行归类，从而控制住院费用。医疗保险的支付方不是按照病人在院的实际花费付账，而是按病人所属疾病相关分组付账。但是DRGs的缺点是技术要求很高，需要有健全的信息化系统和标准的临床路径，在我国医院现有的信息化水平下，在未来一个相当长的时期内，我们都很难达到推行DRGs的标准和要求。单病种付费是按照确定标准对某一种疾病治疗费用进行支付，但覆盖疾病种类极其有限。
预付制可以控制医疗费用增长，许多国家和地区进行了积极探索，有些取得了较好的效果。但是我国公立医院目前最严重、最首要解决的问题是在药品差价率管制政策下药品供应体系混乱、药价虚高严重、医生收受回扣成为普遍现象、过度用药、不合理用药、医患矛盾泛滥成灾。这些严重的问题不是预付制改革可以解决的，而且在目前医保、医疗卫生现行的行政管理体制下，一是医保部门没有积极性和专业能力推行预付制的改革，二是推行预付制所需要的信息技术系统、疾病分组、临床路径等等需要一个相当长期的研究过程，我国的医疗现状等不起，三是我国医疗保障制度不够完善，没有形成统一的医疗保障体系，保障水平也有待提高。四是各种支付手段还缺乏准确定价的基础和标准，只有在只管最高零售价的政策下将虚高药价降下来才能推行。
当通过市场竞争和政府的动态调整让公立医院药品价格回归正常的体系时，推行预付制的改革将事半功倍。
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